Auditowanie Zintegrowanego Systemu nie różni się zbytnio od, nazwijmy to ogólnie, „zwykłego auditowania”. Kilka rzeczy, na które warto zwrócić uwagę: musimy skompletować zespół auditorski posiadający wymagane kompetencje. Dzielimy się pracą zgodnie z nimi. Niektóre role Auditora Wiodącego przejmuje koordynator (kontakt z auditowanym, prowadzenie spotkania otwierającego i zamykającego, kompletowanie i wysłanie raportu). Czyli tak pisaliśmy przy okazji omawiania zasad auditowania, koordynator odpowiada za całokształt auditu, auditor wiodący danego systemu nadzoruje wówczas działania auditowe w zakresie tego systemu. Jeżeli we wszystkich auditowanych standardach pewne obszary się nakładają, planujemy działania auditowe
w taki sposób, by nie pytać tej samej osoby kilka razy o to samo. Plan auditu można zrobić osobno dla każdej normy, ale proponujemy jednak nie wprowadzać dodatkowego chaosu i wysłać jeden, uzgodniony wcześniej plan. Podobnie z raportem – auditor wiodący powinien napisać raport odnośnie obszaru i systemu, który auditował i przesłać koordynatorowi. Auditor koordynujący, mówiąc kolokwialnie „składa” raport w całość i przesyła auditowanemu.
Czy jeden auditor może auditować dwa systemy? Może, jeżeli posiada odpowiednie kompetencje
i razem z auditowanym dysponują czasem, w którym będzie możliwa realizacja rzetelnego auditu.